1.3DID(3D interacting domains)
網(wǎng)址：http://3did.irbbarcelona.org
http://gatealoy.pcb.ub.es/3did/
簡介：搜集3D結(jié)構(gòu)已知的蛋白質(zhì)的互作信息，可通過結(jié)構(gòu)域名稱、基序名稱、蛋白質(zhì)序列、GO編碼、PDB ID、Pfam編碼進(jìn)行檢索。
2.DOMINE
網(wǎng)址：http://domine.utdallas.edu
簡介：結(jié)構(gòu)域互作數(shù)據(jù)庫。
3.PiSite(Database of Protein interaction sites)
網(wǎng)址：http://pisite.hgc.jp
簡介：以PDB為基礎(chǔ)，在蛋白質(zhì)序列中搜尋互作位點(diǎn)。
4.Binding MOAD
網(wǎng)址：http://www.BindingMOAD.org
簡介：致力于提供蛋白質(zhì)-配體晶體結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)信息。提供結(jié)構(gòu)已知的蛋白質(zhì)的相關(guān)配體，并附有詳細(xì)注釋，同時(shí)提供由實(shí)驗(yàn)而得的親和力數(shù)據(jù)。
5.Phospho.ELM
網(wǎng)址：http://phospho.elm.eu.org
簡介：蛋白質(zhì)磷酸化位點(diǎn)數(shù)據(jù)庫
6.SuperSite
網(wǎng)址：http://bioinformatics.charite.de/supersite
簡介：蛋白質(zhì)中代謝物、**結(jié)合位點(diǎn)數(shù)據(jù)庫，提供結(jié)合機(jī)制、識別機(jī)制、保守結(jié)合位點(diǎn)等信息。
7.STITCH
網(wǎng)址：http://stitch.embl.de/
簡介：蛋白質(zhì)-化合物作用網(wǎng)數(shù)據(jù)庫
8.Reactome
網(wǎng)址：http://www.reactome.org
簡介：人體生命活動(dòng)路徑與過程數(shù)據(jù)庫，提供生化過程網(wǎng)絡(luò)圖，并對參與其中的蛋白質(zhì)分子有詳細(xì)注解，與其他數(shù)據(jù)庫如UniPort、KEGG、OMIM等建立了廣泛的交叉應(yīng)用。
9.PID(Pathway Interaction Database)
網(wǎng)址：http://pid.nci.nih.gov
簡介：由NCI和Nature共同創(chuàng)立，提供已知的人體細(xì)胞信號轉(zhuǎn)導(dǎo)、調(diào)節(jié)活動(dòng)及主要細(xì)胞生命過的蛋白質(zhì)路徑網(wǎng)，可通過輸入某個(gè)分子名或代謝過程名稱進(jìn)行查詢。
10.UniHI(Unified human Interactome database)
網(wǎng)址：http://www.unihi.org
簡介：人體蛋白-蛋白相互作用數(shù)據(jù)庫，可根據(jù)蛋白質(zhì)名稱、代謝路徑等進(jìn)行查詢。
11.VirHostNet
網(wǎng)址：http://pbildb1.univ-lyon1.fr/virhostnet/index.php
簡介：病毒-宿主分子互作網(wǎng)數(shù)據(jù)庫，提供病毒-宿主蛋白質(zhì)互作信息及這些蛋白質(zhì)的相關(guān)注釋。可通過輸入基因、蛋白質(zhì)、路徑等關(guān)鍵詞進(jìn)行查詢。
12.Bionemo(molecular information on biodegradation metabolism)
網(wǎng)址：http://bionemo.bioinfo.cnio.es
簡介：搜集與生物降解代謝相關(guān)的蛋白質(zhì)、基因數(shù)據(jù)，包括蛋白質(zhì)序列、結(jié)構(gòu)域、結(jié)構(gòu);基因序列、調(diào)控元件、轉(zhuǎn)錄單元等信息。除此之外還包括生物降解的代謝路徑圖、相關(guān)生化反應(yīng)等。
13.PMAP
網(wǎng)址：http://www.proteolysis.org
簡介：蛋白質(zhì)水解路徑數(shù)據(jù)庫
